Η καταστροφή των ζιζανίων μπορεί να γίνει με δύο τρόπους: με μηχανική καταστροφή και με χημική καταστροφή.

Ο πρώτος τρόπος απαιτεί γερά μπράτσα, οικολογική συνείδηση και μπορεί να γίνει χειρωνακτικά ή μηχανικά. Τα λίγα που ενδέχεται να ξεφύγουν, αφού μπορεί να είναι μπερδεμένα με τα φυτά, αφαιρούνται με το χέρι. Σε αυτή την περίπτωση τα ζιζάνια καταστρέφονται με το σκαλιστήρι.

Ο δεύτερος τρόπος, με xημική καταστροφή, είναι πιο εύκολος αλλά συνάμα επικίνδυνος για το περιβάλλον και τον άνθρωπο. Υπάρχουν, βέβαια, πληθώρα ζιζανιοκτόνων στην αγορά, έτσι ώστε ο παραγωγός να επιλέγει, ανάλογα
με την καλλιέργεια και ανάλογα με το είδος των αγριόχορτων που φυτρώνουν, το κατάλληλο ζιζανιοκτόνο.